Klaus při rozhodování, zda milost udělit či nikoliv, přihlížel zejména k zdravotnímu stavu odsouzeného a k tomu, jestli by jeho děti musely být umístěny do ústavní péče. Většinou také milost spojil s několikaletou podmínkou, že dotyčný nesmí páchat žádnou trestnou činnost.

Prezident mimo to také uděloval milosti cizincům vyhoštěným z České republiky, kteří však v zemi mají rodinné zázemí, manželku či manžela a vyhoštění jim tak neumožňuje žít rodinným životem. Vždy se ale jednalo o jednotlivce, kteří v Česku nepáchali žádnou závažnou trestnou činnost.

Přihlížel k mimořádným okolnostem trestných činů

Podobně se dočkali Klausovy milosti i mnozí ti, kteří byli soudem vyhoštěni pro neoprávněný pobyt v Česku, ale v případě návratu do rodné země by jim hrozilo politické pronásledování.

Omilostnění byli však i někteří lidé odsouzeni za těžší trestné činy, které byly ale spojeny s mimořádnými okolnostmi. Příkladem je případ Slavoje Haška, který byl odsouzen za vraždu. Hašek totiž přistihl u svého domu zloděje, kterého se pokusil zadržet. Když však na něj začal zloděj najíždět automobilem a ohrožovat ho střelnou zbraní, Hašek zloděje zastřelil loveckou puškou. Klaus přihlédl k tomu, že jednal v sebeobraně, a v říjnu 2004 mu udělil milost.