„Na protest proti všemu, co se tady děje. Proti nesvobodě slova a tisku. Říkejte to všem,“ odpověděl Palach zdravotní sestře v nemocnici, kam ho převezli s těžkými popáleninami, když se ho tázala na důvody jeho činu. Tři dny bojoval dvacetiletý muž o život a odmítal utišující léky, aby byl při smyslech a mohl objasňovat, proč se odhodlal k takové oběti. V dopise, který zanechal na místě svého činu, naléhal, aby byly učiněny kroky na záchranu posledních zbytků demokracie.

„Vzhledem k tomu, že se naše národy ocitly na okraji beznaděje, rozhodli jsme se vyjádřit svůj protest a probudit lid této země následujícím způsobem: Naše skupina se skládá z dobrovolníků, kteří jsou odhodláni se dát pro naši věc upálit. Já jsem měl tu čest vylosovat si jednotku...,“ napsal. V dopise žádal zrušení cenzury a zákaz rozšiřování okupačního tisku. Dodnes není zřejmé, jestli skupina vůbec existovala, Palach nicméně našel následovníky.

Absolutní rozměr Palachovy oběti, již třeba 25. února 1969 napodobil Jan Zajíc, zvedl vlnu odporu k nastupujícímu režimu, byť jen dočasnou. Mladí lidé začali na Václavském náměstí držet protestní hladovku za splnění požadavků, záhy se k nim připojili i jinde v zemi. Na Václavském a Staroměstském náměstí se konaly mítinky, na nichž lidé vyjadřovali podporu jeho poselství. Vědecká rada Palachovy Filozofické fakulty UK vyzvala politiky, „aby si uvědomili, na jaké křižovatce stojí“.

Podle historiků nebyl Palachův čin zoufalým zkratovitým jednáním, plánoval jej půl roku. Krátce před osudným dnem uvažoval dokonce o obsazení rozhlasu studenty, jež by vyvolalo „účinnou akci v celonárodním měřítku“, jak napsal studentskému vůdci Lubomíru Holečkovi. Ovšem budoucí normalizátoři již byli v lednu 1969 příliš pevně usazení ve svých křeslech a spontánní protesty po Palachově smrti neváhali označit za zneužití situace ze strany „antisocialistických sil“.