Českoslovenští političtí představitelé podle něj promýšleli různé varianty, jak dlouhodobě zajistit bezpečnost země. Velkou podporu měly zprvu myšlenky, které chtěly postavit evropskou bezpečnost na novém základě, kdy by se transformovala jak Varšavská smlouva, tak NATO. Za ideového tvůrce politiky, jež vedla až ke členství v NATO, Janoušek označil prezidenta Václava Havla.

Spolu s ním se na hledání vhodné bezpečnostní struktury do roku 1993 podíleli zejména také ministr zahraničí Jiří Dienstbier či ministr obrany Luboš Dobrovský. „V této fázi vznikaly základní komunikační kanály mezi Prahou a Washingtonem, respektive bruselským ústředím NATO,“ poznamenal Janoušek. Již v roce 1990 byly vztahy mezi NATO a Československem intenzivní. Uskutečnilo se několik návštěv a v březnu 1991 Havel jako první hlava jedné z nových evropských demokracií vystoupil v bruselském sídle NATO.

Svůj spojenecký potenciál Čechoslováci podle Janouška demonstrovali mimo jiné tím, že ještě v době, kdy se teprve rozpadala Varšavská smlouva, vyslali protichemickou jednotku do mise v Perském zálivu. „Vyslání jednotky bylo pro Havla mimořádně důležité. Ve svém poselství československým vojákům v Zálivu zdůraznil, jak je důležité postavit se totalitní moci,“ zdůraznil Janoušek.

Poznamenal, že do roku 1993 situace na mezinárodní scéně integračním snahám NATO nenahrávala. Změnila se až po nástupu nového amerického prezidenta Billa Clintona. On i generální tajemník NATO Manfred Wörner byli podle Janouška zprvu k možnosti zapojení zemí střední a východní Evropy do NATO skeptičtí, své názory ale postupně změnili.

„V létě 1993 se rozšíření NATO stalo otázkou, které se již nebylo možné vyhnout. V tomto období se zároveň diskutovalo o projektu Partnerství pro mír, který měl mimo jiné nabídnout platformu pro vojenskou spolupráci mezi NATO a zeměmi, které o partnerství projeví zájem,“ řekl Janoušek. Spolupráce však neznamenala automatický nárok na členství v NATO ani poskytnutí bezpečnostních záruk.

V říjnu 1993 v Poslanecké sněmovně Havel podle Janouška shrnul důvody, proč ČR usiluje o členství v NATO. „Integraci do tohoto uskupení chápal jako cestu, jak se české země ležící v centru Evropy mohou přihlásit ke spoluodpovědnosti za evropskou bezpečnost. Nešlo tedy jen o vlastní bezpečnostní záruky, ale také o širší pojetí evropské bezpečnosti,“ poznamenal.

Program Partnerství pro mír vznikl v roce 1994 a znamenal pro českou armádu podle Janouška velký impulz. Rozhodující kroky směrem k NATO byly učiněny v době, kdy byl náčelníkem generálního štábu české armády Jiří Nekvasil, tedy v letech 1993 až 1998. Symbolickým potvrzením nového kurzu byla Clintonova návštěva v ČR v lednu 1994.

Janoušek podotkl, že přibližování k NATO se odehrávalo v několika rovinách. První byla transformace armády. „Přebujelá armáda socialistického typu byla příliš nákladná, navíc v situaci, kdy nebylo jasné, proti jakému nepříteli by měla zemi bránit,“ uvedl. Druhou rovinu představovaly zahraniční mise. Po vyslání chemiků do Perského zálivu se čeští vojáci zapojili již od roku 1992 do misí na území bývalé Jugoslávie.

Rozhodnutí nabídnout členství ČR, Polsku a Maďarsku padlo v roce 1997 na summitu v Madridu. Poslanecká sněmovna schválila přistoupení ČR do NATO 15. dubna 1998 a 30. dubna tak učinil i Senát. Do NATO Česká republika vstoupila 12. března 1999. „Vyvrcholil tak mnohovrstevnatý proces, který pro zemi znamenal dlouhodobé bezpečnostní zajištění,“ zdůraznil Janoušek.