Císař se do vysoké politiky dostal v roce 1963, kdy se stal tajemníkem ústředního výboru KSČ. V letech 1963 až 1965 byl ministrem školství a kultury. Poté byl pro své liberální postoje z funkcí odvolán a poslán do Rumunska jako velvyslanec.

Zpět ho povolal na jaře 1968 tehdejší šéf československých komunistů Alexander Dubček. Po rezignaci prezidenta Antonína Novotného se Císař stal jedním z prezidentských kandidátů. Podporovali ho především studenti. Kandidatury se však vzdal ve prospěch generála Ludvíka Svobody. V letech 1968 až 1969 byl předsedou České národní rady. Jako člen reformního komunistického hnutí byl v následujících letech zbaven všech politických funkcí.