Z kontroly vyplynulo, že závěrečný účet MZe za rok 2017 byl sestaven v požadovaném rozsahu a informace v něm obsažené nebyly zatíženy významnými nesprávnostmi.

MZe už v průběhu kontroly opravilo účetní nesprávnosti v hodnotě 1,6 miliardy korun, které NKÚ odhalil. Šlo hlavně o opravu účtování finančních korekcí, údajů v přehledu o peněžních tocích či o opravu ocenění podmíněného závazku ze soudního sporu. Účetní závěrka MZe za rok 2017 tak podle názoru NKÚ podává věrný a poctivý obraz předmětu účetnictví.

MZe v průběhu kontroly také opravilo nesprávnosti převyšující 100 milionů korun, které kontroloři zjistili v údajích předkládaných MZe pro hodnocení plnění státního rozpočtu. V tomto případě se jednalo zejména o opravu druhového zatřídění výdajů na členské příspěvky mezinárodním organizacím a výdajů na transfery poskytnuté dobrovolným svazkům obcí. Finanční výkaz MZe za rok 2017 tak neobsahoval významné nesprávnosti.

NKÚ prověřil i to, jak MZe přistoupilo k nápravě nedostatků zjištěných předchozími kontrolami NKÚ. Ukázalo se, že k většině nedostatků MZe přijalo nápravná opatření. Jeden z přetrvávajících nedostatků spočíval v tom, že MZe neodvádělo ve stanovených lhůtách do státního rozpočtu veškeré peněžní prostředky, které mají být příjmem státního rozpočtu. Tím porušovalo rozpočtová pravidla. Za rok 2017 šlo o více než pět a půl milionu korun.

Kontrolou bylo také zjištěno, že MZe nezveřejnilo v registru smluv všechny smlouvy podléhající této povinnosti. Protože na tyto nezveřejněné smlouvy následně přijímalo plnění, za které platilo, porušilo kromě zákona o registru smluv i rozpočtová pravidla.