Orgány, instituce a jiné subjekty Evropské unie a jejích členských států mají povinnost bez zbytečného odkladu ohlašovat, zaznamenávat a ověřovat informace o jakémkoli trestném jednání, u něhož by EPPO mohl vykonat svou pravomoc (čl. 24 odst. 1 nařízení EPPO). Ohlásit trestný čin mohou ve 24 jazycích i soukromé subjekty a občané, a to prostřednictvím ohlašovacího formuláře ZDE. Případ je po registraci přidělen EDP, který jej vyšetří s pomocí spolupracujících institucí. Soudní řízení případu potom vedou vnitrostátní soudy.

EPPO je nezávislý orgán Evropské unie, jehož nezávislost a právní rámec jsou určeny nařízením Rady (EU) 2017/1939 EPPO. Zodpovídá za vyšetřování, stíhání a předkládání trestných činů poškozujících finanční zájmy EU soudu. Patří mezi ně hospodářské a finanční trestné činy, jako je zneužívání finančních prostředků, zpronevěra finančních prostředků nebo majetku EU, praní špinavých peněz, organizovaný zločin, podvody s DPH a korupce. 

EPPO vykonává funkce žalobce u příslušných soudů zúčastněné země EU, má přednost před vnitrostátní jurisdikcí a vnitrostátní právo používá v případech, které nejsou upraveny nařízením EU. Státní zástupci pracující pro EPPO nepřijímají pokyny od nikoho mimo EPPO, včetně vnitrostátních orgánů. Partnery EPPO jsou Europol, Evropský úřad pro boj proti podvodům (OLAF), Eurojust a vnitrostátní orgány (státní zastupitelství, policie, celní správa, finanční správa, NKÚ, ÚOHS a další. Ústřední kancelář EPPO se nachází v Lucemburku, kde sídlí Kolegium EPPO v čele s předsedkyní kolegia EPPO a evropskou hlavní žalobkyní Laurou Codru?ou Kövesi a 22 evropských žalobců, po jednom z každé zúčastněné země EU. Českou republiku zastupuje Petr Klement. Společně rozhodují o strategických záležitostech a přijímají vnitřní pravidla a postupy. Dalších 36 decentralizovaných kanceláří EPPO, v nichž pracují evropští pověření žalobci (EDP), se nachází ve 22 zúčastněných zemích Evropské unie; v České republice je šest pracovišť (Praha, Brno, České Budějovice, Liberec, Ostrava a Zlín). Od zahájení činnosti úřadu EPPO dne 1. června 2021 bylo za první rok zaregistrováno více než čtyři tisíce oznámení o trestné činnosti, zahájeno přes 900 vyšetřování a zajištěno téměř 260 milionů eur.