Protony by mohlo být léčeno pouze časné stadium rakoviny prostaty, což je onemocnění, které protonové centrum léčí bezbolestně během 5 dní. Naopak nádory, které jsou umístěny blízko vitálních orgánů, by se protony ozařovat nemohly. To je však v naprostém rozporu s tím, pro co je protonová léčba ceněna u odborníků především. Tím, že protony cílí přesně a pouze na nádor, lékaři PTC dokáží ochránit od záření citlivé struktury jako mozek, srdce, plíce apod. a tím minimalizují rizika spojená s běžným ozařováním. Další jednání, za účasti zástupců PTC, proběhnou na MZ ČR již koncem příštího týdne a na počátku příštího roku budou pokračovat tak, aby se původní červencový termín, kdy novela vyjde v platnost, stihl. Na tom se shodují jak odborníci PTC tak i MZD.

Správným příkladem může být i Holandsko, které staví 4 protonová centra a počítá s léčbou až 8.000 pacientů ročně. Indikace a zkušenosti přebírá právě z pražského protonového centra, které zpřístupnilo léčbu sousedním státům jako např. Rakousku a Slovensku do doby než ve svých zemích centra zprovozní.