V první etapě Auditu se kontrola zaměřila především na hrozby terorismu, extremismu, bezpečnostní aspekty migrace a antropogenní a přírodní hrozby. „Zajištění  bezpečnosti občanů je pro mne i vládu klíčová priorita. Zřízení Auditu  národní  bezpečnosti  je důležité nejen pro posouzení připravenosti naší  země  na  bezpečnostní hrozby, ale také pro definování dalších kroků, kterými chceme bezpečnost dále posilovat. Na  základě  jednání  Bezpečnostní rady státu nyní připravuje Ministerstvo vnitra  komplexní  audit  bezpečnosti  České  republiky, a to i z hlediska například připravenosti infrastruktury, rizika nedostupnosti energie, vody, otázky  nebezpečných  nemocí  či  kybernetické  bezpečnosti,“ uvedl premiér Bohuslav Sobotka.

Cílem Auditu je zjistit, jak je ČR připravena čelit současným závažným bezpečnostním hrozbám a jaká je odolnost ČR při přímé konfrontaci s nebezpečím, zda a kde máme slabá místa a jak je posílit. Z průběžných závěrů Auditu např. vyplývá, že je potřeba reagovat na tzv. hybridní kampaně, kterými např. Islámský stát míří na základní zájmy státu a společnosti. Vzhledem k tomu, že ČR nemá jasného gestora ani organizační struktury, které by tomuto fenoménu čelily, chce MV na základě návrhu pracovních týmů navrhnout vznik Centra terorismu a hybridních hrozeb Ministerstva vnitra.