Právě její osoba byla vyšetřovateli označena za „centrum“ celého případu, který v červnu vedl k největší akci v historii Útvaru pro odhalování organizovaného zločinu. Detektivové během několika hodin vtrhli na Úřad vlády, několik ministerstev, do kanceláří pražského magistrátu a  vykonali domovní prohlídky u několika podnikatelů, u nichž se dlouhodobě spekuluje na napojení na politiku.

Nagyová měla personálně propojovat kauzy sledování premiérovy manželky Vojenským zpravodajstvím (které měla u rozvědky objednávat), podplácení bývalých poslanců ODS (které měla nabídkami funkcí uplácet, aby se vzdali mandátu) a styk politické reprezentace s podnikatelským podsvětím (její roli v této kauze však nedokázali vysvětlit). Právě proto prý byly všechny kauzy vyšetřovány společně. Kauza uplácení poslanců se však zkomplikovala, když Nejvyšší soud rozhodl, že se na ně vztahovala poslanecká imunita.  

Jana Nagyová byla zadržena ve svém bytě 12. června večer. Následně na ni byla uvalena vazba a byla převezena do Vazební věznice v Ostravě. Důvodem vazby byla hrozba ovlivňování svědků vyšetřované kauzy. Její advokát Eduard Bruna okamžitě podal žádost o propuštění z vazby. Později byla Nagyová převezena zpět do Prahy. Během vazby se jako svědek zúčastnila procesu s bývalým zpravodajcem Karlem Randákem, který byl obžalován, že protiprávně zveřejnil její výplatní pásky z Úřadu vlády.

Žalobce Ivo Ištvan již dříve ujistil, že akceptuje zásadu přiměřenosti postihu a hodlá všechny obviněné z vazby propustit, jakmile to bude možné a budou vyslechnuti všichni svědkové. Reálně bylo podle něj možné očekávat propuštění v průběhu srpna. Nyní mu soud udělal čáru přes rozpočet a propuštění Nagyové urychlil. 

Chtěli ji ponížit

Na poměry ve vazbě, a zejména na chování policistů z Útvaru pro odhalování organizovaného zločinu, si stěžovala i Nagyové dcera Nikola, která zaslala dopis předsedovi senátního podvýboru po lidská práva Jiřímu Čunkovi.

„Celé zacházení s mojí matkou bylo neadekvátní, arogantní uplatnění moci s cílem ji ponížit, zlomit a připravit o lidskou důstojnost,“ napsala Nagyová mladší. Následoval výčet příkoří, od posměšků policistů, zasahujících u ní v bytě, přes nepochopitelnou delegaci případu do Ostravy a umístění její matky do nejvzdálenější vazební věznice v zemi, po obstrukce a průtahy, kvůli kterým byly Nagyové po tři dny zadržovány rodinou dovezené osobní věci.

Lidé obeznámení s praxí vazebního stíhání, které ParlamentníListy.cz oslovily, se však domnívají, že chování orgánů činných v trestním řízení se nijak nevymykalo standardům chování vůči vazebně stíhaným. Srovnatelné procedury prý musí podstoupit každý, na koho je uvalena vazba.