Kontroloři se zaměřili především na Národní elektronický nástroj (NEN), což je jedna ze součástí NIPEZ. Vybudování a provoz NIPEZ stály přibližně 700 milionů korun.

Elektronizace veřejných zakázek měla uspořit až 50 miliard korun ročně a zprůhlednit zadávání veřejných zakázek. Faktem je, že tento cíl, který si v rámci strategie elektronizace zadávacího procesu stanovila vláda, se nepodařilo splnit. Druhým hlavním cílem této strategie bylo právě vybudování NEN, s jehož pomocí MMR plánovalo v roce 2015 ušetřit 5 miliard korun. NEN je sice od srpna 2015 v ostrém provozu, ale jeho vybudování, spuštění i samotný provoz provázela řada vážných problémů.

Spuštění NEN do ostrého provozu se zpozdilo o dva a půl roku, přestože původně mělo trvat osm měsíců. Jeho vytvoření stálo ministerstvo více než 230 milionů korun. Další 4 miliony korun měsíčně stojí MMR jeho provoz. Plánovanou úsporu pro veřejný rozpočet ve výši 5 miliard korun ale NEN nepřinesl. Zadavatelé jej totiž využívají jen minimálně, protože jeho použití není ze strany veřejných zadavatelů povinné. Za první dva měsíce ostrého provozu na něm bylo zveřejněno jen sedm veřejných zakázek, potom sice počet registrovaných zadavatelů vzrostl, ale řada z nich NEN využívá jen ke zveřejňování informací.

Spuštění NEN nabralo zpoždění zejména proto, že dodavatel nepředal prototypy k testování v dojednaných termínech. Například druhý prototyp z celkových šesti dodal v prosinci 2012, kdy už měl být celý NEN hotový. Rok a půl trval také zkušební provoz NEN, kdy nesloužil k zadávání veřejných zakázek. Přesto MMR v této době zaplatilo za jeho provoz přes 46 milionů korun. Do ostrého provozu se tak NEN dostal až v srpnu 2015. Navzdory nákladnosti projektu NEN ministerstvo neiniciovalo povinnost používat NEN při zadávání veřejných zakázek, a to dokonce ani v rámci svého resortu. Zpoždění, se kterým NEN vznikal, využily soukromé firmy, které mezitím uvedly do provozu vlastní elektronické nástroje. Ty řada zadavatelů ze státní správy používá při zadávání svých veřejných zakázek.

Podle kontrolorů také přetrvává problém s neúplností, duplicitami a nesprávností dat v e-tržištích. A to i přes skutečnost, že na tyto problémy poukázala předchozí kontrola NKÚ. V ní mimo jiné kontroloři upozornili na to, že tehdy provozovaných pět e-tržišť je příliš mnoho. Dnes jsou skutečně v provozu jen dvě. Ta hodlá ministerstvo v roce 2017 zrušit s tím, že je plně nahradí právě NEN. Kontroloři upozornili na riziko, že Česká republika bude muset vracet evropské dotace, protože poruší tzv. podmínku udržitelnosti, tedy že projekt musí fungovat ještě 5 let od ukončení. Pokulhává i kvalita dat ve Věstníku veřejných zakázek a Informačním systému o veřejných zakázkách. Snižuje se tak transparentnost zadávání zakázek.

Kontroloři také vyhodnotili, že MMR v souvislosti s NIPEZ a NEN porušilo rozpočtovou kázeň až do výše 267,6 milionu korun. Ministerstvo také porušilo zákon o veřejných zakázkách i podmínky, za kterých peníze na projekty získalo z evropských dotací. Podle kontrolorů ministerstvo například u vývoje NEN neoprávněně zadalo zakázku v jednacím řízení bez uveřejnění, provedlo výrazné změny v podmínkách zadávací dokumentace a ve smluveném předmětu díla. To mohlo mít negativní vliv na výběr nejvhodnější nabídky.

Zadáváním veřejných zakázek se zabýval v roce 2015 Evropský účetní dvůr a doporučil častější používání elektronických nástrojů. Z kontroly EÚD vyplynulo, že například na Kypru ze 700 zadavatelů veřejných zakázek se jich přes 500 zaregistrovalo k elektronickému zadávání. Do konce června letošního roku by měla na Kypru fungovat plná elektronizace zadávání veřejných zakázek.

NKÚ publikuje poprvé v rámci kontrolního závěru úplnou datovou sadu o veřejných zakázkách z Informačního systému o veřejných zakázkách, aby bylo v budoucnu možné zachytit případné změny údajů.