V současné době sídlí úřad v pronajatých prostorách v budově Tokovo v Praze-Holešovicích. Nový domov má být postaven na pozemku, který NKÚ vlastní v Praze-Holešovicích na Ortenově náměstí. Součástí nového sídla navíc podle všeho budou archiv a knihovna Poslanecké sněmovny. Podle prezidenta úřadu nebude v prvních dvou letech zapotřebí peněz ze státní kasy, protože se použijí nespotřebované peníze z předchozích let. „K dispozici máme více než 200 milionů korun,“ uvedl prezident NKÚ Miloslav Kala.

NKÚ bude mít na výdaje v příštím roce 599,6 milionu korun. Rozpočtový výbor sněmovny vzal na vědomí, že se nepodařilo vyčlenit vhodný objekt v majetku státu na území Hlavního města Prahy, ani pro tyto účely koupit jiný vhodný objekt. Rovněž požádal o vyčlenění prostor pro sněmovní archiv a knihovnu.

Za předchozích šest let zaplatil úřad za pronájem budovy 450 milionů korun. Návrh rozpočtu NKÚ, který schválil výbor, nyní dostane vláda, jež ho bude muset zapracovat do návrhu státního rozpočtu na příští rok. Do 30. září pak musí vláda podle zákona předložit státní rozpočet sněmovně k projednání.

V uplynulých letech si nový domov dopřál například Český statistický úřad. Budova za 829 milionů korun na pražské Skalce mu slouží od roku 2004. Ministerstvo průmyslu a obchodu chtělo v roce 2008 novostavbu jako výměnu za svých 13 budov. Tento úmysl ale o čtyři roky později přerušila vláda, a tak si nové sídlo v roce 2009 pořídil brněnský krajský soud za 1,938 miliardy korun. Bývalý předseda soudu Jaromír Pořízek kvůli tomu dodnes čelí stíhání. Ještě více (2,5 miliardy korun) pak stál největší justiční areál v Česku, který se nachází v Praze 10 Na Míčánkách.