Podle NKÚ zastihl rozvoj elektronického obchodování správu DPH nepřipravenou, a proto nejsou garantovány příjmy z této daně. Finanční správě jsou také vytýkány systémové nedostatky na úrovni EU. Podle GFŘ je ale problematika elektronického obchodování jak na úrovni EU, tak Finanční správou ČR aktivně řešena a závěry NKÚ nepopisují problematiku komplexně.

„Závěry uvedené ve zprávě NKÚ popisují nejproblematičtější oblast této činnosti, správu tzv. neusazených osob, kterou se mimo jiné snažila Finanční správa zefektivnit zásadními organizačními změnami. Ty ale svůj největší efekt přinesou s určitým časovým odstupem,“ řekl generální ředitel Finanční správy Martin Janeček.

Správa neusazených osob byla podle jeho slov z kapacitních důvodů od 1. září 2016 přesunuta z Finančního úřadu pro hlavní město Prahu na Finanční úřad pro Moravskoslezský kraj, který byl jedním z kontrolovaných subjektů. Změna správce takto rozsáhlé agendy s sebou nese řadu časově náročných procesů, protože řada subjektů je usazena v zahraničí a často nemají v České republice zástupce. Úřední komunikace s nimi je tak obvykle velmi obtížná. Očekávaný efekt tohoto kroku je ale dlouhodobý a v době kontroly NKÚ se tak nemohl plně projevit. Dalším organizačním opatřením pro lepší správu e-commerce bylo zřízení nového útvaru GFŘ od 1. ledna letošního roku, který mimo jiné pracuje s poznatky a zkušenostmi s internetovou vyhledávací činností jiných členských států i získávání údajů od přepravců a karetních společností.

NKÚ dále uvádí jako zásadní nedostatek fakt, že není známa hodnota zaslaného zboží a poskytnutí vybraných služeb do ČR ani hodnota odvedené DPH a jako hlavní důvod uvádí špatné nastavení správy DPH mezi státy EU a špatnou výměnu informací. Finanční správa by se ráda tímto doporučením řídila, ale NKÚ neuvádí, jakým způsobem mají být tyto údaje získány. Současný systém mezinárodní výměny informací totiž podle nařízení Rady EU ale není a ani nemůže být v oblasti zasílání zboží v EU nastaven na plošné a reciproční prověřování transakcí. Kontrolní mechanismy tak není možné systémově zajistit, protože členským státům není uložena povinnost zavedení podrobné evidence a povinnost daňových subjektů sdělit údaje z takové evidence správcům daně.

NKÚ vytýká, že prověřované finanční úřady nedostatečně vyhledávaly a nekontrolovaly osoby povinné odvádět daň, vyhledávání bylo náhodné a spíše ojedinělé. FS naopak považuje v současné době kontroly v oblasti elektronického obchodování za jednu z priorit. Proto se mimo jiné zapojila do pracovní skupiny Eurofisc, která má za úkol nastavit zmíněnou výměnu informací mezi členskými státy v oblasti přeshraničního elektronického obchodování. Tato skupina plně započala svojí činnost až v roce 2017 a ostatní členské státy čelí naprosto totožným výzvám jako ČR. V některých oblastech, např. v kontrolách ubytovatelů Airbnb, je ČR v rámci Evropy na špičce a aktivity FS týkající se dalších platforem budou brzy následovat.

Kontrola NKÚ se dále zaměřila na webové stránky zahraničních e-shopů a provozovatelů e-tržišť a na to, zda jsou tyto e-shopy registrovány v ČR k platbě DPH. Popis této problematiky je ale ze strany kontrolorů velmi nepřesný. Pokud si český zákazník objedná zboží např. z německého e-shopu, zboží podléhá české DPH pouze v případě, že tento e-shop zaslal českým spotřebitelům zboží za více než 1 140 000 korun.  Do dosažení této částky odvede německý e-shop zcela legálně německou DPH bez povinnosti registrovat se a odvádět DPH v ČR. Zmíněný limit platí samozřejmě i obráceně, tedy české e-shopy mohou zasílat do Německa německým spotřebitelům zboží dokonce až do hodnoty 100 000 Euro, než jim vznikne povinnost zaregistrovat se a odvádět DPH v Německu. 

Vzhledem k některým problémům, které správa daně v této oblasti přináší, vstoupí v účinnost od roku 2021 opatření, které ji zjednoduší jak pro plátce, tak i pro samotné správce daně. Hlavní změna spočívá v tom, že limity v oblasti zasílání zboží budou výrazně sníženy a členské státy si budou DPH samy přeposílat (tzv. systém OSS) a podnikatelům odpadne povinnost zaregistrovat se v každém členském státu zvlášť. Nový systém, který je rozšířením současného režimu jednoho správního místa, se bude vztahovat na veškeré zasílání zboží. Kromě výrazného snížení administrativní zátěže tak bude i prohloubena a zintenzivněna spolupráce členských států. Rovněž pravidla pro dovoz zásilek ze zemí mimo EU se budou měnit a všichni dodavatelé budou mít povinnost napřímo či prostřednictvím zástupců či zprostředkovatelů podávat daňové přiznání a odvádět DPH.