Podle NKÚ navíc nemá ČR jasno, kam se chce do budoucna posunout, ať už jde o dopravu, průmysl, sociální věci, zemědělství nebo životního prostředí. Poukazuje i na to, že řadu projektů brzdí byrokracie. Komplikované posuzování a schvalování žádostí také odrazuje žadatele například z řad malých a středních podniků. Právě na ně stát dosud nedokázal správně zacílit svou podporu a ta pak často putuje k velkým podnikům.

Podle prezidenta NKÚ Miloslava Kaly bude také nutné, aby stát dokázal reagovat na měnící se priority EU a současné výzvy: „Pro ČR to znamená, že se musí rozhodnout, kam nasměrujeme mimořádné finanční prostředky a proč. A pokud má mít tato podpora výraznější dopad, je třeba přesně určit, čeho konkrétně chceme dosáhnout a měli bychom také umět vyhodnotit, jestli se nám to daří nebo ne. Kromě toho by měl stát být schopen připravit a prosadit strategické projekty v reálném čase. V tom vidím hlavní výzvy na další období.“

Podle NKÚ provázely i aktuální programové období problémy s prosazením některých klíčových investic, resorty nemají jasno, čeho chtějí podporou dosáhnout a často nejde vyhodnotit, jestli měla podpora nějaký efekt. To se týká dopravy, průmyslu, sociálních věcí, zemědělství nebo životního prostředí.

Některé oblasti se nedaří dlouhodobě zlepšit a to i přes velkou podporu z evropských fondů. Například u živočišné výroby, kde se nedaří dosahovat strategických cílů i přes výrazné dotace. Také podpora na projekty, které měly pomoci životnímu prostředí, například v boji se suchem nebo zlepšit kvality ovzduší, zatím výraznou změnu k lepšímu nepřinesla. A výrazného posunu se nepodařilo dosáhnout ani u eGovernmentu.

Překážkou pro čerpání dotací je pak komplikovaná administrativa, která prodlužuje přípravu projektů a je i důvodem, proč nemají žadatelé o podporu v řadě případů zájem. Například u výzkumů a inovací v podnikání, kde schvalování žádostí trvalo i rok.

Komplikovaná administrativa a zdlouhavé rozhodování spojené s čerpáním dotací jsou překážkou pro malé a střední podniky. Navíc stát neumí podle NKÚ správně nastavit podporu pro tyto podniky a dokládá to kontrolami za posledních 5 let. Například u podpory zaměřené na výzkum a inovace v zemědělství tak byly nakonec největšími příjemci dotací velké podniky, které navíc vynakládaly prostředky na pořízení strojů a technologií, namísto na vědu a výzkum.